本书分为三篇、八个模块，第一篇基础实验模块——技能奠基与规范养成，第二篇综合实验模块——技术交叉与问题解决，第三篇设计性实验模块——科研思维与创新实践；八个模块分别介绍了微生物形态观察技术，微生物培养、计数与保藏，微生物代谢与功能分析，环境微生物应用技术，经济微生物应用技术，分子微生物学基础，开放性实验设计指南，跨学科整合实验等内容。