《蒙医内科学》由总论、各论二部分组成。总论部分主要讲解了蒙医内科基础理论知识，蒙医基症辨治方法，治则与治疗法等。各论的第一部分论述47个病种，分别介绍病因病机、症状及基症分析、治疗与基症对治等。其病名至具体内容均用蒙医观念编写的同时，每个病种都附有两个或以上典型病例，以强化内容的真实性与可读性。第二部分论述36个病种，是采用西医病名之下突出，探讨蒙医对此如何进行分析、研判和进行投方治疗等思路及方法。