东京城里有透明怪人的话题，被新闻媒体炒得沸沸扬扬。不久岛田的珍珠宝塔被人盗走，接着明智大侦探夫妇相继失踪也变成透明人。一天，透明怪人团伙的首领怪老人被抓，盘问怪老人的审讯室里居然出现三个明智大侦探，这究竟是怎么回事？明智大侦探和少年侦探团能将犯罪嫌疑人绳之以法吗？