《京杭大运河清口水利枢纽考古报告》主要内容包括：历史上的淮安、地理概况、经济概况、交通运输情况、文化遗产保护、京杭大运河淮安段的变迁及其演进过程、清口的历史沿革及现状、清口水利枢纽工程的规划思想等。

第一部分 概述
第一章 淮安地理位置及自然、人文环境
一、历史上的淮安
二、地理概况
三、经济概况
四、交通运输情况
五、文化遗产保护
第二章 历史沿革及现状
第一节 京杭大运河淮安段的变迁及其演进过程
第二节 清口的历史沿革及现状
第三节 清口水利枢纽工程的规划思想
（一）束水攻沙、蓄清刷黄——水利规划思想的最高水平
（二）避黄引淮——水利规划思想的发展
（三）灌塘济运——水利规划思想的权宜之计
第三章 考古发掘缘起与经过

第二部分 京杭大运河清口水利枢纽考古调查
第一章 概述
第一节 调查范围
第二节 调查方法
第二章 调查成果
第一节 古河道调查
（一）运河河道
（二）自然河道
（三）减河
（四）人工引河
（五）城河、内河
第二节 古堤坝调查
（一）黄河堤坝
（二）淮河及洪泽湖堤坝
（三）运河堤坝
（四）盐河堤坝
（五）堰
（六）转水墩
（七）埽工
第三节 古码头、渡口、闸、涵洞调查
（一）古码头
（二）古渡口
（三）古闸
（四）古涵洞
第四节 其他附属水工及遗迹调查
（一）木龙遗址
……
第三部分 京杭大运河清口水利枢纽考古勘探与发掘
第四部分 结语
附录
后记
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