寒假里，孔西西突发奇想，要回到清朝去看一看。她和孔东东借助酸梅糖的力量，穿越到了康熙年间。他们和十二岁的康熙成了朋友，而后三人又一起来到乾隆年间，并说服乾隆和他们一起回到21世纪。21世纪的文明令康熙、乾隆赞叹不已，他们陶醉在高科技的生活里。不料，王老师布置的一篇作文，又把他们带到了一百年以后的22世纪…

开学第一天，班里来了一位叫王子的实习老师，他左右脚穿着不一样的袜子，衬衫的扣子还少了两颗，他总是糊里糊涂地犯些小错误，在班主任王老师面前紧张不已。有一天，他无意中喝下了孔东东的新配方珍珠奶茶，变成了拇指人，从此，一连串的惊险呼啸而来。为了帮助王子老师摆脱困境，孔东东和孔西西也跟着变成了拇指人…&helli

孔东东去古生物博物馆参观，不小心带回来一颗奇怪的石头。一个偶然的机会，孔东东和孔西西发现这颗石头遇热之后会不断地变大。为了弄清石头的秘密，他们俩一起寻找甄苇大博士的帮助。终于，一只模样奇怪的动物从蛋壳里孵化出来。为了帮助它确认身份，孔东东和孔西西决定去恐龙生活的年代打探一番……

孔东东又研制出了一种可以帮助人提前长大的酵母汤，每喝一口就长大一岁。有了这样的酵母汤，孔东东提前过上了大人的生活，甚至成功地潜入一个叫绳套帮的犯罪团伙当卧底。班长孔西西也没闲着，她一会儿把自己变成美丽的女大学生，一会儿又把自己变成风姿绰约的妇人。不过，长大的背后，隐藏着一连串的秘密……

一个忙碌的周末，让孔东东萌生了寻找替身的想法。在他的要求下，邻居陆大大制造了机器人孔东东。机器人孔东东的异常表现引起了爸爸妈妈的警觉。他们突发奇想，也在陆大大那里定制了仿真机器人。紧接着，越来越多的仿真机器人出现了。原以为机器人会帮大家解决麻烦，谁知有一天，机器人突然失控，在城市里引起了大骚乱…&hell

孔东东和孔西西通过郝郝郝遗落在地球的日记重新找到了怪同学郝郝郝，他们带着小狗邢邢邢一起回到了星球。为了寻找治理环境污染的办法，大家重新开始了太空之旅，他们遇见了粉红小人儿，双子星伙伴，神秘的小国王，还有身上有七种颜色的动物……这一段奇妙的旅程，让他们懂得了友情的珍贵、陪伴的重要。

孔东东的一瓶辣椒酱，导致鲁达达食物过敏，经过彻查，食堂里的一只老鼠当了替罪羊。随后的灭鼠行动激怒了校园里的老鼠家族，它们开始制造一起又一起的混乱。孔东东和孔西西借助传声耳环见招拆招，破坏老鼠们的行动。这下，不甘失败的老鼠们彻底恼羞成怒，决定使出撒手锏散播鼠疫……

一天傍晚，在放学的路上，孔东东和孔西西遭遇了奇怪的跟踪者。没想到这个跟踪者竟然是甄苇大博士的孙子，名叫甄可爱，他是从未来穿越回来度假的。凭借甄可爱的记忆，孔东东和孔西西提前预警了学校操场将发生塌方，大街上将发生车祸，城市里将发生流感疫情……孔东东因此被当作了预言家。可是，提前知道未来，真的是

学校里发生了一桩怪事，班主任王老师、体育老师、音乐老师、美术老师、朱校长……相继变成了拇指人。孔东东和孔西西到校外去找救兵的时候，也被意外变小了。变小以后的他们被一个穿着格子外衣的阿姨带回了学校。这位阿姨自称班长，在她的背后竟然还隐藏着班主任校长以及教育局长……

甄苇大博士发明了传声耳环，不仅可以将动物的语言翻译成人类的语言，甚至可以让孔东东和孔西西听到千里之外的声音!戴上传声耳环的孔东东和孔西西听到了很多陌生的声音，他们以声音为线索，接连帮助了许多人，帮助以黑尾猫为首的流浪猫找到好去处，还在图书馆抓了一只大老鼠……