本书分三卷，上卷自“脏腑经络先后第一”至“血痹虚劳第六”6篇，中卷自“肺瘘肺痈咳嗽上气第七”至“惊悸吐衄下血胸满瘀血第十六”10篇，下卷自“呕吐哕下利第十七”至“果实菜谷禁忌第二十五”9篇，书前有李锦、曹溶、程应旄三家之序及林亿“金匮要略方论序”等。