《正说台湾古史》利用诸多前人未曾使用的新史料、新方法，提出一些台湾古代史地的新观点：上古中国大陆人已经了解台湾周围的黑潮，可能已经到达台湾，闽浙沿海也有南岛民族，孙吴所征的夷洲和隋朝所征的流求就台湾岛，吴军到达北台湾，接触到赛夏族，隋军到达南台湾，接触到排湾族，南朝和唐朝不是大陆和台湾交流的空白期，南宋侵扰澎湖和福建的毗舍耶人是南台湾的土著，台湾在宋末元初进入东洋航路，明代汉人在台湾最早的聚落魍港位置，林道乾曾在台湾久居，北港渔场兴起的原因，明末台湾地图的新史料，牛津大学新发现的明末闽南商人航海图与台湾的关系。

导言 
第一章.大壑与黑潮 
第一节．台湾地理概况 
第二节．台湾先住民的由来 
第三节．大壑与黑潮新考 
第四节．闽浙沿海的南岛人 
第二章.孙吴出征夷洲 
第一节．夷洲夷人与赛夏族 
第二节．南朝月屿看台湾 
第三节．方壶澎湖与瀛洲台湾 
第三章．隋代出征流求 
第一节．陈稜为何从义安郡出发 
第二节．流求国在台湾岛南端 
第三节．流求人是琅峤的排湾人 
第四章．唐宋时期流求 
第一节．唐代台湾史料辨析 
第二节．台湾与冲绳出土唐宋货币与瓷器 
第三节．王闽与台湾的贸易 
第四节．毗舍耶、谈马颜和白蒲延 
第五节．吕宋航路变更与台湾的进入 
第五章．元代瑠求与流求 
第一节．元初征台路线新考 
第二节．元末流求海战 
第三节．《岛夷志略》台湾山名新考 
第四节．元代的宫古岛漂流民 
第六章．明代前期的小琉球 
第一节．琉球移位与小琉球的出现 
第二节．钓鱼岛航路与中国人命名的法理意义 
第三节．明初迁海与台湾 
第四节．郑和为何不来台湾岛？ 
第七章．魍港的浮现 
第一节．内外变局与海上势力复兴 
第二节．中西地图中的南北台湾 
第三节．林凤往来魍港新考 
第四节．林道乾为相小琉球三年 
第五节．魍港位置新考 
第八章．北港的兴起 
第一节．北港的兴起 
第二节．明代《福建海防图》的台湾 
第三节．江浙人到台湾贸易的新史料 
第四节．日本谋台与沈有容征台 
第五节．万历后期的日本与北港 
结论