全书共分16章，内容包括绪论、原核生物的结构与功能、真核微生物的结构与功能、病毒、微生物的营养、微生物的生长和控制、微生物的代谢、微生物的代谢调控、微生物的遗传与育种、微生物的系统发育与分类、微生物生态与环境微生物、人体微生物群与病原微生物、传染与免疫、微生物与食品、微生物与农业、工业微生物与发酵。本书采用“纸质教材+数字课程”的出版形式，纸质教材内容精炼，各章均设置了知识导图、开放讨论题、推荐阅读等辅学内容；数字课程资源包括发现之路、知识拓展、科技视野、技术应用、视频、教学课件、自测题、参考文献等内容，有助于学生自主学习，更好地掌握知识点。