全书共六卷，以“石室”喻其珍贵，系统收录了历代医家秘传经验与作者独创见解。书中按病症分为内、外、妇、儿、五官等科，详述病因病机、辨证要点及治疗方药，尤其擅长疑难杂症的论治。其核心思想强调“治病求本”，提出“气为血之帅，血为气之母”的气血理论，创用“攻补兼施”“寒热并用”等独特治法。书中载方数百首，多为经临床验证的实效方剂，至今仍被广泛沿用。