本书是一部系统覆盖从哈迪-温伯格平衡等经典理论到基因组时代前沿技术和方法应用的群体遗传学经典书籍。全书共11 章，涵盖了溯祖理论、种群分化、种群历史和自然选择等群体遗传学的完整知识体系，并通过模块化、递进式的编排以及丰富的前沿案例和习题帮助读者快速构建完整和扎实的群体遗传学知识体系，可以为我国群体遗传学领域的人才培养与科学研究提供重要支撑。

更多科学出版社服务，请扫码获取。

2018/01-2022/05，哥本哈根大学，生物信息学，博士 2010/09-2013/07，东北林业大学，生理学，硕士 2006/09-2010/07，东北林业大学，野生动物与自然保护区管理（动物科学），本科2024/07至今，东北林业大学，野生动物与自然保护地学院，教授/博士生导师 2013/07-2024/06，深圳华大生命科学研究院，助理研究员、副研究员/博士生导师、研究员/博士生导师保护基因组学主要以基因组、转录组、蛋白组、代谢组、单细胞组和空间组等多维组学技术和手段，在各个尺度上揭示濒危物种的遗传结构、遗传多样性、遗传风险等，对濒危物种的遗传学表现和特征进行总结和归纳，探索和评估野生动物的濒危机制以及遗传拯救策略，提出物种保护新方法。并通过这些多组学手段去揭示野生动物对生存环境适应的遗传机制以及关键生物学特征的遗传基础等。同时，结合比较基因组学和古基因组学揭示动物的起源、演化、迁移等大时间尺度上的演化事件等。跨越时间和空间，总结过去、现在和未来，去试图理解和解释动物世界中普遍存在的生物学规律。近年来，在Nature, Nature Genetics, Nature Communications, PNAS, Protein & Cell, Science Bulletin, Molecular Ecology Resource, GigaScience, iScience等杂志发表研究论文30余篇，并获得多项软件著作权和发明专利。担任BMC Genomics杂志编委成员，Nucleic Acids Research, Journal of Advanced Research, iScience,农业农村部农业基因组学重点实验室副主任，国际生物多样性标准ISO-TC331工作组专家

目录
引言 1
遗传数据的类型 1
基因型变异的检测 2
第1章 等位基因频率、基因型频率以及哈迪？温伯格平衡 5
1.1 等位基因频率 6
1.2 基因型频率 6
1.2.1 k？等位基因座 7
1.2.2 举例：MC1R基因 7
1.3 哈迪？温伯格平衡 8
1.3.1 回顾MC1R基因 9
1.3.2 泰？萨克斯病 12
1.4 哈迪？温伯格平衡理论的扩展和概括 12
1.4.1 偏离哈迪？温伯格平衡1：选型交配 12
1.4.2 偏离哈迪？温伯格平衡2：近亲交配 13
1.4.3 偏离哈迪？温伯格平衡3：种群结构 13
1.4.4 偏离哈迪？温伯格平衡4：选择 14
1.4.5 近交系数 15
1.4.6 检验是否偏离哈迪？温伯格平衡理论 15
1.4.7 使用等位基因频率进行个体识别 18
参考文献 18
习题 18
第2章 遗传漂变和突变 20
2.1 Wright？Fisher模型 20
2.1.1 遗传漂变和期望等位基因频率 21
2.1.2 Wright？Fisher模型中的遗传漂变模式 23
2.1.3 Wright？Fisher模型中有效群体大小的影响 24
2.2 突变 25
2.2.1 突变对等位基因频率的影响 26
2.2.2 等位基因固定概率 27
2.2.3 物种分化和替代率 28
2.2.4 分子钟 28
2.2.5 追溯人类和黑猩猩的分化时间 29
参考文献 30
习题 30
第3章 溯祖理论：从理论到数据 32
3.1 两个个体的溯祖（n=2） 32
3.1.1 大群体溯祖 34
3.1.2 突变、遗传变异和群体大小 36
3.2 无限位点模型 37
3.2.1 Tajima估计 38
3.2.2 有效群体大小的概念 40
3.2.3 θ估计值的解释 42
3.3 无限等位基因模型和期望杂合度 43
3.4 样本量为N的溯祖过程 45
3.4.1 溯祖树与最近共同祖先的时间 46
3.4.2 溯祖树的总长与分离位点数量 48
3.5 等位基因频谱 49
3.6 溯祖树与种群大小的关系 51
参考文献 52
习题 53
第4章 种群分化 55
4.1 Wahlund效应 55
4.1.1 F_ST：测量群体分化 56
4.1.2 考虑迁移的Wright？Fisher模型 58
4.1.3 考虑迁移的溯祖过程 59
4.1.4 n=2时的期望溯祖时间 62
4.1.5 F_ST和迁移速率 63
4.2 分化模型 64
4.2.1 分化模型中的期望溯祖时间、序列成对差异和F_ST 66
4.2.2 距离隔离 66
参考文献 68
习题 68
第5章 种群历史动态推演 70
5.1 基于统计数据进行种群历史动态推演 70
5.1.1 溯祖模拟和置信区间 71
5.1.2 估计进化树 74
5.1.3 基因树与物种树的异同 77
5.1.4 从群体遗传学数据来解释进化树 80
5.2 似然性和费尔森斯坦公式 83
5.2.1 MCMC和贝叶斯方法 85
5.2.2 重组效应 87
5.2.3 种群归属、聚类和融合 89
参考文献 92
习题 93
第6章 连锁不平衡与基因定位 95
6.1 连锁不平衡 96
6.1.1 D值的演变 101
6.1.2 双位点Wahlund效应 104
6.2 连锁不平衡的谱系解释 106
6.2.1 重组 106
6.3 关联定位 110
参考文献 113
习题 114
第7章 选择Ⅰ 117
7.1 单倍体中的选择 117
7.2 二倍体中的选择 121
7.2.1 突变？选择平衡 132
参考文献 137
习题 138
第8章 有限大小群体中的选择 141
8.1 新发突变固定的概率 141
8.2 受选择等位基因的替换速率 149
8.3 搭载效应 154
8.3.1 选择清除 154
8.3.2 部分清除 158
8.3.3 关联超显性 159
参考文献 163
习题 163
第9章 中性理论与中性检验 165
9.1 HKA检验 168
9.2 McDonald？Kreitman（MK）检验 169
9.3 等位基因频谱 170
9.4 Tajima’s D检验 172
9.5 基于群体间遗传分化的检验方法 174
9.6 基于LD和单倍型结构的检验方法 176
参考文献 179
习题 179
第10章 选择Ⅱ：相互作用和冲突 182
10.1 性别比例选择 182
10.2 解决冲突 185
10.3 亲缘选择 188
10.4 自私的基因 191
10.4.1 减数分裂驱动 191
10.4.2 转座子 193
10.5 物种形成 194
参考文献 197
习题 197
第11章 数量遗传学 200
11.1 生物统计分析 200
11.2 育种值 207
11.3 数量性状位点 208
11.4 多重QTL 211
11.4.1 基因型？环境互作 212
11.5 数量性状基因作图 213
参考文献 215
习题 215
附录A 基础概率论 217
二项分布 218
期望值 221
方差 223
泊松随机变量 224
几何随机变量 225
附录B 指数分布和溯祖时间 228
附录C 最大似然和贝叶斯估计 230
贝叶斯估计 232
附录D 卡方分布在自由度为d时的临界值 234
部分习题解析 235
词汇表 246
索引 256