本书的主要内容包括水生态恢复、水环境保护、水生境保护、水资源保障四大部分。“第一章鱼类生态保护与恢复”“第二章江豚栖息地保护与恢复”“第三章大型底栖动物恢复”“第四章湖泊浮游动物生态恢复”“第五章湖库藻类水华应急处置”“第六章退化浅水湖泊水生植被恢复”“第七章河流污染综合防控”“第八章河流汛期污染控制”“第九章长江流域水体连通性保护与恢复”“第十章水生生物栖息地保护”“第十一章长江流域减脱水河段生态需求确定与保障”。