本书共四篇：导论篇、基础篇、方法篇、应用篇。其中导论篇(第1章)总体介绍药物、药物发现、药物设计等基本概念，以及药物设计的发展历程、主要特性；基础篇(第2-5章)主要介绍药物设计学的分子基础、理论基础、信息学基础以及传统药物设计知识；方法篇(第6-9章)主要介绍药物靶标识别与预测、计算机辅助先导化合物发现、计算机辅助先导化合物优化、ADMET性质预测与优化；应用篇(第10章)则为读者选取了几个成功的药物设计实例。