本书根据孩子们探索的历程分为三个部分：“与蚯蚓相遇”讲述了孩子们因探索“今年果树为什么不结果、结果少？”的问题而认识蚯蚓的过程；“跟蚯蚓塔的二三事”中，园外专家解答蚯蚓不见踪迹的原因，并提供了解决果树问题的新思路——蚯蚓塔；“蚯蚓与自然的共生共长”讲述的是蚯蚓塔的实际运行过程。