本书围绕思想的“三世”，一方面置中国于世界，还原明末清初思想文化的世界背景；另一方面置西学于中国，从中国知识、思想与信仰的内在理路出发，窥探西学在中国乃至东亚的本土脉络。全书分为七章：第一章探讨教宗制作为一种政治制度在中国的理解与诠释过程，它是中西首次实质性的政治思想互动。第二至三章利用教内、教外文献互证，剖析叶向高、郑以伟等上层士人与传教士之间的思想异同。第四章结合昙阳子、张识两位早逝青年的神迹故事，尝试进入信仰的深层，重构他们的生命体验与思想世界。第五至六章以祝石、冯文昌、王宏翰等中下层文人为中心，围绕人际网络、书籍世界与西洋医学，分析西学在地方社会的存在方式与知识形态。第七章以《七克》为个案，考察西学书籍在东亚的出版、传播与阅读，探索沟通中西书籍史的新路径。