全书以《本草原始》明万历初刻本为底本，保留原书格式体例，将药物分为草、木、谷、菜、果、石、兽、禽、虫11部，每味药物下包含原文、原书墨线图与今药材彩图、图注原文、图考及备注，其中图考及备注为重点内容，详细考证、分析了药材的基源与变迁。本书为上册，主要内容包括：草部上、草部中、草部下三部。