本书共包括三个方面，即理论篇、方法篇和应用篇。理论篇介绍了植物病害流行学所走过的道路和现状，阐述了分子流行学的基本概念，重点讨论了流行学研究中宏观方法与微观方法相结合的理念和具体实施程式。方法篇介绍了流行学研究中所涉及的分子生物学方法，基本的分子生物学的方法、用于定量分析的分子生物学方法、用于分析植物病原菌群体遗传结构以及所引致的病害流行的研究方法、分子流行学研究所用到的基本的数据分析类型和方法。应用篇详细列出了植物病害分子流行学研究的重要领域，并在每一章都不同程度介绍了传统流行学的研究方法的应用，以及新的相关的分子流行学方法的应用。