本书内容涵盖经典注释、临床各科及医学史资料。医经注释(卷1-70)涵盖《素问》《灵枢》《难经》的注释与考订；诊断方法(卷71-92)：包含脉诊、望诊等中医诊断体系；脏腑学说(卷93-216)详述脏腑经络等基础理论；内科疾病(卷217-358)：记录伤寒、温病等内科病症诊治；外科妇科儿科(卷359-500)：分述外科疮疡、妇科经带及儿科杂症；医学总论(卷501-516)收录医理总纲及学术争鸣文献；医史文献(卷517-520)辑录名医传记、医事纪要和医学艺文。