全书共分为七章：第一章首先介绍定量构效关系(QSAR)，并针对选择性环氧合酶COX-2抑制剂开展三维定量构效关系研究实验。第二章以表皮生长因子(EGFR)受体酪氨酸激酶抑制剂为例，对药效团模型构建和基于药效团模型虚拟筛选的软件操作进行了详细的讲解。第三章由七个独立的子实验组成，内容涵盖了点群计算、单电能计算、静电势表面计算、分子振动频率计算及红外和拉曼光谱预测等，以方便读者熟悉和掌握小分子的多种结构优化操作。第四章为分子对接，该部分以胸苷激酶和磷酸二酯酶IV型为研究靶点，集中讲解了四种常用对接方法(LibDock、CDOCKER、Suflex-dock和MOEdock)的实验操作，方便读者掌握不同对接方法的软件操作和结果分析。第五章以“普瑞巴林”和“MDM2—抑制剂复合物”为研究对象，对分子动力学模拟实验操作进行讲解。第六章介绍了RDKit这一重要的化学信息学工具，帮助读者学习如何处理和分析化学数据，实现药物分子性质的快速计算和过滤，提升虚拟筛选效率。第七章简单介绍了如何使用Scikit-learn中的QSAR模块通过多元线性回归进行一系列化合物构效关系的研究。