小尼尔斯调皮捣蛋，不爱学习，还总欺负家里的小动物，爸爸妈妈让他看书，他总想偷懒。一天，他终于因为欺负小灵精，受到了教训，被小精灵变得小小的，还没有大拇指高。他为了拉住大白鹅莫顿，被带上了天空，融入一群野雁中。野雁群的领头雁阿卡一百多岁的老了，她的警惕性可高呢，才不愿让尼尔斯待在野雁群里。她决定第二天早上就把尼尔斯撵走，可是当天晚上狐狸偷袭了野雁群。尼尔斯凭借自己的勇敢和智慧救回了一只野雁，这让阿卡对尼尔斯产生了好感，留下了他。于是，小尼尔斯骑着大白鹅莫顿和雁群一起飞越山川海洋，探秘奇幻森林，畅游神秘古堡，开始了惊险、有趣的神奇历程……