本书分《素问注证发微》和《灵枢注证发微》两部分，各九卷，各八十一篇。每篇首解篇名，次分若干章节，然后分节注证。首先用一句话总结概括该节大意，然后解字、释词、串讲经文。其注释采取以经解经的方式，即《素问》以解《灵枢》，依《灵枢》以明《素问》，保证释义纯正。又旁征博引，于医理、词义阐释发微，使深奥晦涩之古经变得明白晓畅，为后世多所推崇。本书是全本注释《内经》的第一家，更是全文注解《灵枢》的最早文献。