《苍生司命》凡八卷，并首卷1卷。首卷为总论，列“经论总抄”、“四言举要”、“内景图”、“风寒感冒”、“药性”等五篇，论述天地阴阳、人体脏腑功能、结构，脉学诊法，外感风寒之六经分证，以及常用二百四十余种药物之性味、功能。继则以元、亨、利、贞分八卷为四集，卷一、二为元集，列中风、中气、胃风、瘟疫、斑疹、内伤、中暑、燥证、湿证、火证、郁证、痰证等12种病证；卷三、四为亨集，列咳嗽、哮喘、疟证、霍乱、泄泻、痢证、呕吐、膈噎、呃逆、吞酸、嘈杂、痞满、肿胀、臌证等14种病证；卷五、六为利集，列积聚、虚损、眩晕、头痛、胃脘心痛、腹痛、腰痛、胁痛、背痛、诸气、疝气、脚气、痛风、痿证、麻木、目病、耳病、鼻病、口病、齿病等20种病证；卷七、八为贞集，列血证、溺血、便血、汗证、痓证、厥证、癫痫、健忘怔忡惊悸、三消、赤白浊、梦遗精滑、淋闭、秘结、黄疸、痔漏、调经、崩漏、带下、胎前、产后、五脏气绝论、六腑气绝论等20余种病证。每病证先载其临床表现、次述各家先贤所论，并阐明虞氏己见，就该病之病因、病机、证候分型、治疗方药逐一详述。