全书包括“伤寒论注”(四卷)、“伤寒论翼”(两卷)和“伤寒附翼”(两卷)三大部分。柯氏对晋代名医王叔和整理的《伤寒论》原文重新编次，先立总纲一篇，然后六经分病。六经各立纲要，病下列证，随证出方，证以方名，以方类证，并予阐明每一个证治的病因病位、寒热虚实属性及诊疗机制。本书批诸注家之谬，悟仲景之旨，可谓历代注疏《伤寒论》的上乘之作。