本书主要讲述鹦鹉螺号潜艇的故事。1866年，海上发现了一只疑似为独角鲸的大怪物，阿龙纳斯教授及仆人康塞尔受邀参加追捕行动。在追捕过程中，他们与鱼叉手尼德·兰不幸落水，到了怪物的脊背上。他们发现这怪物是一艘构造奇妙的潜艇。潜艇是尼摩在大洋中的一座荒岛上秘密建造的，船身坚固，利用海水发电。尼摩船长邀请阿龙纳斯进行海底旅行。他们从太平洋出发，看到海中许多罕见的动植物和奇异景象。途中还经历了搁浅、土著围攻等许多险情。