全谱共二十六卷，《九宫谱》与《十三调谱》合为一谱，十三调之曲附于九宫之后，各为一卷，其中卷十一、卷二十分别为新移补的道宫调与商黄调，卷二十五为附录不知宫调引子、过曲，最后一卷为《各宫尾声格调》。卷首保留沈谱原有的蒋孝《南词旧谱序》和李鸿《南词全谱序》，又新增《复位南词全谱凡例》《复位南词全谱凡例续纪》《古今入谱词曲传剧总目》，《凡例》表明修谱的十项原则，即遵旧式，禀先程，重原词，参增注，严律韵，慎更删，采新声，稽作手，从诠次，俟补遗。全谱选收南曲曲调一千多支，在沈谱的基础上，增收明末曲家新创曲调274首，新换范曲33首，并据冯梦龙《墨憨斋词谱》补入35首。凡新增或新换范曲者，皆在卷首曲目下注明“新入”“新查补”“新换”“冯补”等字。在新增收的曲调中，多为集曲。另对沈谱的诠注作了增注和修正，在所增的注文上标以一小尖圈为别。此谱因有沈谱为基础，且能结合当时的曲坛实际，故为当时的作曲填词提供了较好的规范，并对后世的南曲谱产生了一定的影响。