本书内容实行模块化设计，分为微生物学基础、畜禽免疫学基础、微生物在自然界中的分布和作用、微生物在畜牧业中的作用、实验指导五个模块。基础内容主要有微生物学和免疫学的基础理论知识、微生物在自然界中的分布与作用；同时阐述微生物与畜牧业的紧密关系，包括畜禽体表、消化道和呼吸道微生物对其生长、发育、健康、生产性能等的影响。