本书分为上、下两卷。上卷“农业面源污染防治理论与方法”按照农业面源污染物类型展开，聚焦氮和磷流失、土壤有机/生物污染、农业废弃物以及农业污染物检测与监管等方面，系统凝炼出适于我国农业面源污染防治的新方法、新理论和新成果；下卷“农业面源污染防治技术与应用”按照地域空间展开，依据中国农业生产现状，主要围绕长江、黄河两大流域，针对不同污染要素与特征，确认了11个重点农区，系统总结出适于各区域农业生产特征的农业面源污染防治关键技术及综合防控技术体系与模式。