本手册共分三部分：第一部分，第五次全国经济普查投入产出调查介绍；第二部分，投入产出调查电子台账及填写方法；第三部分，附录。投入产出调查电子台账共31套，主要包括：农林牧渔专业及辅助性活动、工业、建筑业、服务业等28套电子台账，行政事业单位、民间非营利组织2套电子台账和1套典型调查电子台账。