系统生物学是现代生物学新兴分支学科之一，是一门生物学、数学、医学等互相交叉渗透的学科。面对高通量的各层面的生物数据，系统生物学可以对它们进行有效的整合和挖掘，进而分析出生物功能、表型等背后的分子机制。本书主要概述了系统生物学中的差异网络分析方法，介绍了系统生物学的产生及发展、差异网络分析方法的基本概念及R语言实现，差异网络分析中常用的优化算法以及差异网络分析方法的应用等。本书可作为信息处理、生物医学工程等相关专业的本科生、研究生的教学参考用书，也可供相关的科研人员阅读和参考。