阿哈湖湿地公园建立之初开展过一次本底资源调查，由于调查时间短、强抽样度低等问题，本底资源底数依然不清，且上一次调查距今已近十年，公园景观及生物多样性可能已发生了变化。为了摸清湿地公园本底资源情况，自2018年以来，公园管理处相继与贵州大学生物多样性与自然保护研究中心、贵州省生物研究所、贵州师范大学等科研院所合作开展生物多样性调查与研究项目，围绕种子植物、苔藓、蕨类、鸟类、兽类、两栖类、爬行类、鱼类、昆虫、水质、景观等专题开展调查研究，对湿地公园生物多样性及动植物栖息地有了较全面的了解。