全书一百四十卷，另附《历代帝王姓系统谱》六卷和《氏族博考》四卷。将古今姓氏分韵编排，以姓氏为目次，先常姓，后稀姓，每姓下先注郡望和五音，并考姓氏所出，而后依时代先后，分列各姓著名人物，从古代至万历年止，记述人物生平事迹，实则合谱牒传记共成一书。《古今万姓统谱》作为姓氏学类书的代表作，是人们修谱活动的重要资料来源之一。又记录了在每个朝代历史阶段和我国古代姓氏文化和历史的情况，可作为查阅历史名人的工具书，有较高的学术价值和实用价值。书中对历史人物特别是对明代人物的记述，可补史书不足。