该书稿在结合清代书院历史发展脉络的基础上，分专题探讨其普及过程、制度化建设成就以及在近代的改制、转型等问题，共12章。具体而言，首先以时间为序，论述清代书院的总体发展概况及阶段性特征，并呈现书院在清代版图空间上的普及过程。其次，介绍清代书院所形成的省、道、府、州、县、乡村、家族多层级的书院结构。其三，讨论书院与清代学术文化演变之间的关联，以及伴随学术文化转型过程而产生的书院讲学风气逐渐消退的现象。其四，研究清代书院的制度化建设，即在教育、管理、经费、祭祀、藏书、刻书、社会教化等方面作出的探索。其五，探讨清代书院产生的影响，尤其是在清代文化大一统建设中发挥的历史作用。