自称“田村卡夫卡”的15岁少年，为逃避父亲的诅咒——他将重蹈俄狄浦斯王弑父娶母的悲惨命运——而离家出走。他乘坐始发于东京的深夜巴士，几经辗转，最终来到高松市郊外的甲村图书馆，被图书管理员大岛收留，在那里遇见了疑为自己母亲的佐伯小姐；与此同时，一位少年时期因遭遇森林奇异事件而变得智力低下的老人中田，在命运的指引下，捅死了虐杀猫类的变态杀手，与偶然结识的卡车司机星野青年一起步入寻找“入口的石头”的旅程。两条线索起初看似互不相干，最终却交织并行，共同掀起一场腥风血雨，成就一篇奇幻诡异的现代寓言。