南京图书馆所藏各类稿本是其古籍收藏的一大特色，《南京图书馆藏未刊稿本集成》精选有价值的稿本1045种影印出版。本书收集史部珍稀稿本204种，参照《中国古籍总目·史部》的分类，按照史部纪传、编年、纪事本末、杂史、史表、史评、传记、政书、诏令奏议、地理、金石这十一大类，拟分为190册。其中不乏一些清代大家的著作，如惠栋《山海经补注》、黄易《小蓬莱阁金石目》等。前者是清代学者惠栋补注山海经的原稿本，后者首有丁丙跋等，都具有很高的版本价值。