全书分总论和各论两部分，总论内容包括临床药物治疗学绪论、药物治疗的基本原则及过程、药品不良反应、药物相互作用、特殊人群的药物治疗和药物基因组学与个体化用药；各论具体内容包括抗菌药物的合理应用以及神经系统、精神系统、呼吸系统、循环系统、消化系统、泌尿系统、血液系统、内分泌系统、风湿免疫系统、恶性实体肿瘤、疼痛、急性中毒、营养不良疾病的药物治疗。