本书分六卷，卷一述古，博采前人关于瘟疫的论述。卷二论治，包括总论十二条及瘟疫统治八法、瘟疫六经治法、瘟疫杂症治略等。卷三杂疫，广泛收集各种疫症，共七十二症。卷四辨疑，作者根据自己的心得体会对前人关于瘟疫的论述进行了辨析。卷五诸方，设避瘟方、除瘟方两类，载方一百二十余首。卷六运气，以《内经》“人与天地相参”理论为基础，分析瘟疫的发生规律。