本书集结了最强伙伴佐罗、奈美、撒谎布、山智的草帽海贼团，跟着船长路飞一起成功进入了“伟大航线”，之后他们遇到了一个秘密犯罪集团——巴洛克工作室，并解救了卧底在集团中的阿拉巴斯坦王国的公主——微微，微微向路飞他们说明工作室的幕后之人想要颠覆整个阿拉巴斯坦王国，路飞决定帮助微微回到自己的国家，向国民揭露巴洛克工作室的阴谋，不过也因为微微的事情被工作室知晓，路飞一行人被工作室追杀，虽然最后成功击败了追杀者，但新的危机又出现了，工作室的幕后老板竟然是“七武海”之一的鳄鱼。