《食源性疾病监测操作规程》主要内容包括第一部分部门与机构职责，第二部分食源性疾病病例监测，第三部分食源性疾病暴发监测，第四部分食源性疾病病原学监测，第五部分食源性疾病人群调查，第六部分食源性疾病专项监测，第七部分质量控制，第八部分实验室检验标准操作程序，第九部分附录。