本书前三章是理论研究部分。其中，第一章是“导论”，主要包括问题的提出、国内外研究述评和研究旨趣等内容。第二章是“环境公益诉讼程序协调的基本概念厘定”，主要对全文涉及的环境公益、环境公益诉讼、环境公益诉讼的程序协调、环境公益诉讼程序协调的基本框架等基本范畴进行框定。第三章是“环境公益诉讼程序协调的理论澄清”，主要回答“何以可能”“为何协调”“如何协调”三个基本问题，尤其是通过“代理彩票理论”论证了环境行政规制与环境司法规制二元并存的正当性。本书后三章是制度建构部分。其中，第四章是“环境公益诉讼的内部程序整合”，主要涵盖环境行政/民事公益诉讼的程序整合以及环境刑事/民事公益诉讼的程序整合。第五章是“环境公益诉讼的外部程序衔接”，主要涵盖环境民事公/私益诉讼程序衔接以及环境民事公益诉讼与生态环境损害赔偿诉讼的衔接。第六章是“结语”，主要概括环境公益诉讼程序协调的基本原则与规制策略。