《坊巷谍影》讲述了这样的故事: 莘迪得到爷爷的同意, 参加学术交流。她巧妙地避开中央情报局的监视, 把神经代码核心机密暗中带到中国。在短短的3个月学术交流以及她回故乡福州寻访她爷爷初恋情人茉莉奶奶的过程中, 她爱上了她的导师刘般若, 发生了忘年的“师生恋”, 并怀上刘般若的孩子。作为情感的回馈, 她把神经代码的核心机密拷贝给了刘般若。但敌中有我, 我中有敌, 春申脑图谱和神经代码以及中微子探测仪的机密又被打入华梅集团内部的美国中央情报局雇员所窃取。