本书共分为三篇：上篇主要介绍了“基于思维能力培养的原始生物学问题导学研究”的意义及现状，理论依据，研究内容、方法和过程，研究结果及分析，研究成果和价值，研究过程中存在的问题和建议；中篇主要介绍了主要研究人员在研究过程中取得的经验和体会；下篇主要介绍了主要研究人员在研究过程中形成的教学案例。