《外证医案汇编》共四卷，选辑了清代名家如陈学山、薛生白、缪宜亭、叶天士和徐灵胎等人的外证医案凡七百余则，分为13部73门，间附余氏自己的洽验案，并总结其病之成因、证之变化及内外方治之法，论其利弊，辨其异同。本次整理以光绪二十年（1894）苏州绿荫堂本为底本。

卷一
首部
脑疽
天疽锐毒
骨槽风
秃发疮
项部
猛疽
夹喉痈
风痰
痄腮
燕窝疮
失荣证
马刀疬
瘰疬
时毒
面部
目疡
耳疡
鼻疡

卷二
口部
唇疡
齿疡
舌疡
咽喉
烂喉痧
疫疠喉痧

卷三
外部
流痰
背部
发背
蜂窝发
莲子发
对心发
搭手
肾俞发
下背疽
丹毒发
肩并发
肩臂部
肩疽
乐疽
鱼肚发
石榴疽
乳胁腋肋部
乳痈
乳岩
胁痈
腋痈
肋痈
腹部
小腹痛
腹皮痈
脐痈
脐漏
脐中出水
前后阴部
前阴
子痈
囊痈
肛漏
痔疮
股腿胫足部
环跳
足膝
足指
脚气

卷四
内部
内痈
肺痈
肺痿
胃痈
肝痈
肠痈
肾俞痈
肛痈
发无定处部
疔
疮痍
脓窠
热毒
风疹块
红瘰
白癜风
产后痈疡
溃疡
附徐大椿《疡科论》
校注后记