1949年以来，在政府的大力支持和推动下，开展了系统的中医药古籍整理研究。1958年，国务院科学规划委员会古籍整理出版规划小组在北京成立，负责指导全国的古籍整理出版工作。1982年，国务院古籍整理出版规划小组召开全国古籍整理出版规划会议，制定了《古籍整理出版规划（1982-1990）》，卫生部先后下达了两批200余种中医古籍整理任务，掀起了中医古籍整理研究的新高潮，对中医文化与学术的弘扬、传承和发展，发挥了极其重要的作用，产生了不可估量的深远影响。

卷之一
辨伤寒非寒病论
纂注《内经·热论》
图注内经足阴阳六经之脉
历考昔贤论伤寒兼传手六经说
图注《内经》手阴阳六经之脉

卷之二
纂注伤寒例
附昔贤伤寒例

卷之三
辨太阳病脉证并治法上
桂枝汤方
桂枝加葛根汤方
桂枝麻黄各半汤方
桂枝二麻黄一汤
桂枝二越婢一汤方
桂枝去桂加茯苓白术汤方

卷之四
辨太阳病脉证并治法中
葛根汤方
葛根加半夏汤方
葛根黄芩黄连汤方
麻黄汤方
大青龙汤方
小青龙汤方
桂枝新加汤方
麻黄杏仁甘草石膏汤方
桂枝甘草汤方
茯苓桂枝甘草大枣汤方
厚朴生姜甘草半夏人参汤方
茯苓桂枝白术甘草汤方
五苓散方
茯苓甘草汤方
栀子豉汤方
栀子甘草豉汤方
栀子生姜豉汤方
栀子厚朴汤方
栀子干姜汤方
小建中汤方
桃核承气汤方
抵当汤方
抵当丸方

卷之五
辨太阳病脉证并治法下
大陷胸丸方
大陷胸汤方
小陷胸汤方
文蛤散方
白散方
十枣汤方
大黄黄连泻心汤方
附子泻心汤方
生姜泻心汤方
甘草泻心汤方
赤石脂禹余粮汤方
旋覆代赭石汤方
桂枝人参汤方
瓜蒂散方
黄连汤方
炙甘草汤方
附昔贤治太阳病方论变法
《肘后》葱豉汤方
《千金》葛根汤方
《千金》升麻汤方
《千金》葛根龙胆汤方
《小品》诏书发汗白薇散方
《小品》葳蕤汤方
《活人》麻黄汤方
《本事》黄芪建中加当归汤方
《微旨》六物麻黄汤方
《河间》清解散
《河间》天水散
《河问》双解散
又通解四时伤寒大神术汤方
《举要》冲和汤方
《举要》芎黄汤方
《医案》麻黄人参四味汤方
《证治》和解散方
《广笔记》羌活汤方

卷之六
辨阳明病脉证并治法
调胃承气汤方
大承气汤方
小承气汤方
白虎汤方
白虎加人参汤方
猪苓汤方
蜜煎导方
猪胆汁方
土瓜根方
茵陈蒿汤方
麻仁丸方
栀子檗皮汤方
麻黄连轺赤小豆汤方
附昔贤治阳明病方论变法
石膏汤方
《微旨》调脉汤方
《微旨》薄荷汤方

卷之七
辨少阳病脉证并治法
小柴胡汤方
大柴胡汤方
柴胡加芒硝汤方
柴胡加龙骨牡蛎汤方
柴胡桂枝汤方
柴胡桂枝干姜汤方
半夏泻心汤方
黄芩汤方
附昔贤治少阳病方论变法
附陶氏加减法

卷之八
辨太阴病脉证并治法
桂枝加芍药汤方
桂枝加大黄汤方
附昔贤治太阴病方论变法
《总论》橘皮汤方
新增黄芩芍药汤方

卷之九
辨少阴病脉证并治法
麻黄附子细辛汤方
麻黄附子甘草汤方
黄连阿胶汤方
附子汤方
桃花汤方
猪肤汤方
甘草汤方
桔梗汤方
苦酒汤方
半夏散及汤方
四逆散方
附昔贤治少阴病方论变法
《难知》一物黄连泻心汤
《难知》凉膈去硝散方
（新增）玄黄膏方

卷之十
辨厥阴病脉证并治法
乌梅丸方
麻黄升麻汤方
干姜黄连黄芩人参汤方
白头翁汤方
附昔贤治厥阴病方论变法
《直格》黄连解毒汤方
新增清中安蛔汤方

卷之十一
辨阴阳易差后劳复病脉证并治法
烧裈散方
枳实栀子豉汤方
牡蛎泽泻散方
理中丸方
竹叶石膏汤方
附昔贤治瘥后病方论变法
又疗劳复大青汤方
又疗伤寒瘥后，劳复，葵子汤方
栝蒌汤方
葱豉汤方
葛根姜豉汤
芦根汤
栝蒌竹茹汤
鼠矢薤根汤
附子黄芪汤
又疗伤寒口干喜唾方
《活人》当归白术汤

卷之十二
辨误汗吐下火灸温针逆病脉证并治法
桂枝去芍药加蜀漆龙骨牡蛎救逆汤方
桂枝甘草龙骨牡蛎汤方
附昔贤治逆病方论变法

卷之十三
辨温病脉证并治法
新增葛根黄芩汤方
附昔贤治温病方论变法
附方剂分两说

卷之十四
辨风池风府期门等穴针刺法
附刺温热病五十九穴考正
附刺热病针图
附同身寸说
校注后记