本书以时间为纵线，阐述了1624至1662年荷兰占领时期、1858至1895年清朝统治时期、1865至1945年日本占据时期，以及1945至2001年战后时期的台湾基督教史。

从“手术刀”到“出头天”（代前言）
荷据时期（1624-1662年）
第一章 荷兰侵占台湾
第一节 荷据前的台湾社会
第二节 荷兰侵占台湾及其殖民统治
第二章 荷据时期的台湾基督教
第一节 新教在台湾的传播
第二节 新教在台湾的教化事业
第三节 荷兰在台传教事业失败原因探析
第四节 基督教对台湾社会的影响
清统治时期（1858-1895年）
第三章 清代台湾的社会变迁
第一节 东南沿海的移民浪潮和台湾社会的发展
第二节 西方列强侵入台湾