柯南和担任科学家警卫的小五郎乘渡轮前往一个叫冲之岛的孤岛。科学家此行的目的是要建造对环境没有污染的新型焚烧炉，结果神秘人物不断发来恐吓邮件……在四面环海的渡轮上，柯南能化解危机吗？让我们跟着柯南一边侦破案件，一边学习和物质与燃烧有关的科学知识吧！