本文采用机器学习的方法，研究了蛋白质相互作用和功能预测的几个重要方面：蛋白质相互作用位点预测、蛋白质相互作用能量热点(Hot Spots)预测、蛋白质相互作用预测和蛋白质功能预测。提出了一系列的蛋白质相互作用及功能预测方法。