《中国农业菌种目录大全》收录的农业微生物菌株，根据资源筛选评价，对一些菌株的应用功能特性进行了描述，以利于使用者检索使用。全书收录农业微生物资源502属1786种11320株，分为7个部分进行编录，主要内容包括：古菌、细菌、放线菌、酵母菌等。

一、古菌（Archaea）
二、细菌（Bacteria）
三、放线菌（Actinomycets）
四、酵母菌（Yeasts）
五、丝状真菌（Filamentous Fungi）
六、大型真菌（Mushroom）
七、丛枝菌根真菌（Arbuscular Mycorrhizal Fungi）
附录Ⅰ：培养基（Media）
附录Ⅱ：菌种拉丁学名索引
附录Ⅲ：菌株编号索引