《明史研究论丛（第十五辑）》：
马士英是阮大铖的难友，同在崇祯初去职、落居南京，此番支持阮氏起复，则以自己“治兵无才”为理由，需人襄助。马士英在弘光登基之初，奏陈《恢复须联大势疏》，陈述四策：一，速联吴三桂，以利用其粮饷、军队和联络蒙古的实力；二，江北诸将、淮水之师五六万并于山东，以联吴三桂，并用徐寿、安庆军队往河南、湖北联络左良玉等部；三，以左良玉复两湖，窥陕西省；四、以新敕印招四川总兵赵光远等，再以湖北巡抚何腾蛟取代无能的四川巡抚龙文光，总督川湖黔郧。马士英之策，与史可法《敬陈第一紧急枢务疏》中的恢复策：急立淮徐、扬滁、凤泗、庐六等四处藩镇，各取其半，作守卫和进攻的基地，可为互补。马氏奏疏之简洁有条理，以全部省份的军事行动为考虑的设想眼光，比史可法只着眼江南防卫更远大，恢复计算之完备，似乎还在史氏之上。不过，纸上谈兵人人可行，若无实际作为或同僚支持，身为首辅大学士的马士英势难行事，而他为南京臣首，自然不能庸碌无所作为。
六月，马士英再度举荐阮大铖补兵部右侍郎，立即招致大学士高弘图、姜日广、南京兵部右侍郎吕大器及其他众多官员反对，其中，御史左光先反对尤烈，马士英则是为了阮大铖力战群臣。左光先是天启受难者左光斗之弟，对于魏大中、杨涟等东林人士的过往耿耿于怀，基于认定的“阮大铖会同太监魏忠贤义子傅应星迫害左光斗”成见，痛恨阮氏等逆案者至极，上奏指责马士英特举阮氏，误导新帝。马士英地位也不稳，曾因两湖巡按黄澍言语，而几乎被弘光帝抛弃，故不得不反击，指使南昌宗生朱统上书诋毁大学士姜日广，并拟对抗大学士高弘图及史可法、张慎言、南京兵部右侍郎吕大器等人，攻击奏疏由阮大铖起草。另外，户部尚书周堪赓久不到任，马士英也请皇帝以特旨升张有誉补周氏之位，创造特旨就职的先例，好为阮大铖开居官之门。
阮大铖重返官场的阻碍重重，但他也会善用反对者的弱点作为斗争资本，如崇祯十六年（1643）浙江东阳的许都之乱。东阳县有前尚书许弘纲之孙许都，任侠好义，小有名声，崇祯末，知县姚孙棐便借其名声，以备乱为由，随意摊派县内各户的捐输金额，还要许都出银万两，后者勉强捐了数百两，引发知县大怒，诬指其所刊刻集社诗文稿上的文士名，是党册，而其母丧的万人祭吊为造反，将许都下狱，此举立即招来群众万人哄乱，姚知县被一生员拉至丹墀上笞打，许都则被拥为领袖。浙江巡按左光先闻变，调台州兵进剿，屠掠甚广，东阳、义乌、汤溪等处民众遂自发保乡，大败台州兵，左氏却因此上报许都造反。绍兴推官陈子龙清楚实情，欲协助平息事件，遣生员蒋若来持自己书信晓谕许都，许氏即率十二名举事者，赴杭州狱中自首，然而，左光先并不理陈子龙之请告，将许都等全部斩首，隐匿姚知县恶行，造成浙东土匪“白头兵”蜂起，乱至南明不息。弘光帝令浙江巡抚黄鸣俊相机剿抚，亦斥责左光先诱杀许都、不行善政，造成此果。
许都之乱显示左光先的失察和莽撞，他正因逆案与大学士马士英为敌，阻止阮大铖回朝，阮氏便借许案整治他，上疏指责左氏要陈子龙诱降叛首，导致事端扩大。阮左之争，举朝仅苏松巡抚祁彪佳出面，申述左光先在经费拮据下调兵措饷，授计予陈子龙，诱擒叛首，方能用一个月就平定浙江乱事，有功无过，此言又使祁彪佳成为阮氏政敌。后来，阮大铖鼓动御史张孙振弹劾祁氏贪奸、拥立新帝时有异议，最终罢官而去。此案表明天启政争并未因国家危亡而止，东林或逆案人士都自认是“众正盈朝”，却未能将精力摆在最重要的拱卫南京和光复大业上，或原本就无才干可发挥，致使南明空拥大半江山，依旧日薄西山。
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