《仁斋直指方论》（附补遗），《仁斋直指方论比对与新用》26卷，以内科杂病、外科、妇科证治为纲，用方论形式广撷诸家名方，参以家传经验良方，辨证施方，示人规矩，切合实用，对病识证，因证用药，成为阅读者直指之捷径，是一部较有影响的临床参考书。《仁斋直指方论比对与新用》在原书的基础之上增加了选方简释、临床比对与新用等内容，对原文中的一些药方进行简单的解释以及该药方在临床中所起到的作用，通过科学的方法证明该药方的实用性。
卷之一 总论
概述
五脏所主论
五脏病证虚实论
诸阴诸阳论
血营气卫论
脉病逆顺论
男女气血则一论
问病论
论《易简方论》
附：原脉论出《保命集》
附论五篇出《丹溪心法》
附：十二经脉歌
火湿分治论
虚实分治论
附：病机赋
卷之二 证治提纲
概述
得病有因
治病当先救急
治病如操舟
用药中病不必尽剂
经常用药自有奇功
论肝脾生病
病人尺脉洪大
水气、肾气、血气、风毒擒纵治法
治痢要诀
简径治痢
姜茶治痢法
噤口痢
疟痢用常山、罂粟壳
治疟要诀
发疟呕吐勿用常山
疟有水有血
疟证寒热有根
常山治疟须用大黄为佐
寒热似疟
吐、汗、下治疟
疟后调理
退热
柴胡退热不及黄芩
退热有法
小儿风证解热有三
滞血发热
佐助小柴胡汤
肾热用五苓散
下后大肠热肿坠重
通利大便有法
饭后随即大便
脾泄、肾泄
肾泄
大便脱泄白脓
……
卷之三 诸风
卷之四 风缓（附痿证）
卷之五 诸气（附梅核气、积聚、癥瘕、痞块）
卷之六 心气
卷之七 痰涎
卷之八 咳嗽
卷之九 虚劳
卷之十 漏浊
卷之十一 眩运
卷之十二 痃疟
卷之十三 霍乱吐泻
卷之十四 泻痢
卷之十五 积热
卷之十六 五疸
卷之十七 消 渴
卷之十八 身体
卷之十九 肾脏风痒
卷之二十 眼 目
卷之二十一
卷之二十二 痈疽
卷之二十三 肠 痈
卷之二十四
卷之二十五 诸 虫
卷之二十六 妇 人
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