《太乙神针心法》分上下两卷。卷上主要论述运用太乙神针治疗各种病症，共分23门483症。卷下主要是由其弟子邵天佑记录的《针案记略》，即太乙神针医案，共计40例。《太乙神针心法》是一本系统记载太乙神针的专著，对后世实按灸理论和临床应用，乃至灸法的现代研究，都有较大的指导意义。由张建斌、唐宜春校注的《太乙神针心法/中国古医籍整理丛书》以康熙五十六年（1717）本衙藏版刻本为底本。

卷上
第一 中风门
第二 伤寒门
第三 虚损门
第四 疟疾门
第五 感冒门
第六 癫狂门
第七 心脾胃病门
第八 霍乱门
第九 痹厥门
第十 积滞胀痛门
第十一 肿胀门附红疸、黄疸
第十二 汗门
第十三 头面门
第十四 咽喉门
第十五 耳目门
第十六 鼻口门
第十七 胸背胁门
第十八 手足腰腋门
第十九 妇人门
第二十 小儿门
第二十一 疮毒门
第二十二 肠痔大便门
第二十三 阴疝小便门

卷下
《针案纪略》序
《针案纪略》小引
《针案纪略》
恳传《太乙神针》投词
《太乙神针》传授渊源诫文
校注后记