本书系统全面地阐述微生物生态学的基本原理、研究现状、微生物在地球化学循环中的作用；归纳环境微生物生态学的研究方法；解析活性污泥、饮用水管道、好氧反硝化脱氮微生物和景观水体微生物生态特征，并结合案例分析环境微生物生态学理论在高效菌群/菌株分离中的应用；介绍环境微生物生态学中针对高通量测序数据的多种高级统计分析方法和可视化技术。

本书在介绍微生物、微生物学、微生物系统等知识的基础上，对土壤中微生物的种类、分布、状态，土壤与微生物的关系以及土壤中微生物之间的关系进行了阐述；并进一步介绍了微生物的固氮作用和含氮化合物的分解作用、土壤中微生物对植物营养元素的循环利用、化学农药对土壤中微生物的影响作用，以及微生物对环境污染的处理作用等内容。本书可供从事土壤学、微生物学、生态学、环境科学和农学等领域的科技工作者、研究生和本科生等参考。